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黑客帝国2里双子星病毒的BOSS是谁？
梅罗纹加（Merovingian）
梅罗纹加是法国封建社会中六个王朝的第一个，欧洲中世纪的黑暗历史正是从梅罗纹加王朝开始的，经历六朝，正符合电影中矩阵曾经有六代版本的故事。在电影中，梅罗纹加是一个曾经很有力量的人，而且他喜欢说法语，居住在法国式的城堡中。
法国的梅罗纹加王朝也是欧洲浪漫神话的发源时期，而这些神话的核心人物则是“堕落天使”，他们因为背叛上帝被赶出天堂，撒旦正是这些堕落天使的首领。这也正符合电影中梅罗纹加在矩阵中的身份——他是所有背叛矩阵的程序人的首领，利用自己的能力来对抗矩阵。
对《黑客帝国》的一些疑问（黑迷进）
排除第三个问题（一楼回答很好，不用赘述）
其他三个问题包括补充的提问我放在一起说了：
首先，不知道LZ知不知道一个解释：锡安也是机器人世界制造出的幻觉，片中用绿蓝两种颜色的数据流来分别了，那么我们首先在这个前提上讨论你的几个问题：1.容易理解，因为还在虚拟程序中，尼奥的实力在对抗乌贼时升级，起初他的能力只能凌驾Matrix层面，现在可以凌驾两个层面即Zian层面，这才是他与其他the one的最大区别。
2、4和补充问题：回答这些问题也有另一个前提：不知道LZ想没想过，先知为什么要帮助人类，以及她真的是在帮助人类吗？作为机器世界的一段程序，先知一反常态如果没有合理解释可能吗？当然不可能。那么答案很明显她的动机还是为了机器世界。在解释这个之前，我们来明确下电影中人物所代表的深层角色：建筑师是统治者，他决定世界的走向，维持世界的和平。墨菲斯等人是意图颠覆世界建立新秩序的革命派。法国佬等人代表失势的守旧贵族派，但还是颇有实力底蕴的，而且我觉得他在之前很可能也是革命派，他妻子就说过他很久以前像尼奥，只是后来跟统治者苟合堕落了。最后，先知呢？是改革派，建筑师用救世主的谎言一次次让收集Matrix系统BUG的the one来到主机为Matrix系统打上补丁，并重启Zian系统（就是那个几个男的十几个女的重建Zian），而先知，这个激进的改革派，她想让整个Matrix系统重装完成最大限度的升级。而这是一个完全确定的前提，或者说结论，所以先知引导尼奥，为了完成对Matrix彻底革新（补充问题）。所以，为了达到目的，先知不惜以自己作赌注，建筑师最后也说她的游戏很危险（问题4）。所以，系统已经完成重装的升级，以后什么情况不好说（问题2）。
然后，说回来，推翻第一个前提，即Zian不是机器世界的虚拟系统，(不好意思这两天生病)那么尼奥一样是超越两个层面，那他不是黑客帝国最高生命体了？我觉得差不多了，但是他还是要和机器世界妥协。本人哲学功底不够，听说这里有一个多层面理论可以解释，我不大懂不过我用科学的维面理论解释觉得也差不多，尼奥等级高不代表他就无敌，所以还要和机器世界妥协。其实解释楼主的问题跟前面差不多，不一样的是如果Zian不是机器世界的虚拟系统，那尼奥的斗争可以说是真正胜利了，那么第二个前提岂不是站不住脚了？我觉得不是，先知的出发点在于升级Matrix系统这没有疑问，让人类自由选择是她在之前改造Matrix就已经在实行的了，那么让这种选择最大化到人们可以自由选择真实与虚幻也许是她认为的对Matrix的最大化升级。尼奥知道了，他与先知各取所需。
其实我觉得沃卓斯基兄弟（现在应该是姐弟了）的意图应该倾向于前一种，但是真正伟大的作品不正是让后人作出比作者更为深刻的解读吗，伟大作品的意义在于提问与启迪。我们的导演总是在讨论未来可能出现的人类对待机器智能的问题，而沃卓斯基提出的是在机器智能主导的文明中怎样对待人类的问题。从这个角度讲，《The Matrix》真是一部艺术性与思想性都极为出色的影视作品。
完
黑客帝国最后一部那个机器Boss，就是那个能控制所有机器行为的铁球智能怎么样，有人类的感情吗？
他就是机器世界的主人，母体的设计师，是没有情感的，但是有情绪。救世主来谈判帮他消灭他矩阵里失去控制的史密斯来换取锡安的和平，虽然他不高兴，但还是接受了。