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发现有网站侵权了，怎么进行维权取证最有效？
一般是会先收集证据，发律师函，起诉。当然最好的方法还是协商解决。不过你这个是网站侵权，在取证时比较麻烦，截图最简单，不过貌似还是能作假，网上有易保全类的第三方保全平台，你输入侵你权的网站，支持在线录制视频，直接进行侵权取证。
网站非法攻击怎么报案？
这个可以直接到当地公安机关报案即可，公安都有网监部门处理相关案件
不过需要注意的是：
需要有明确的证据，直接的证明这是恶意攻击
最好机房能合作提供相关流量的证据
报案后，相关部门为了取证会对相关服务器进行封存取证，所以最好做好备用措施，防止网站因此受到更大影响。
千万不要什么证据都没有，就以为公安机关会为芝麻大点事劳民伤财，不可能为了一百块的损失，牺牲一万的百姓血汗，每一分钱的警力，都是百姓血汗供养的，所以不是什么事都可以稀里糊涂去浪费的。
怎样找出被黑客入侵web服务器后留下的痕迹？
检查防火墙日志，检查数据库日志，检查服务器日志，检查被改动的配置，找到隐藏的后面，在网上找个取证工具包，里面什么数据恢复，痕迹检查都有。