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特洛伊木马程序会不会直接侵入用户电脑并进行破坏？
不会，只有用户下载安装以后它才会起作用，不停的去感染文件，不停的去复制自己，扩散
特洛伊木马会不会破坏系统文件？
木马一般从事间谍活动不会对系统有损害的,就是安全性会很糟糕,为黑客服务,打开漏洞.建议经常杀毒^
我中了特洛伊木马和一些未知病毒感染了很多文件，对这些文件如何修复处理？会不会影响系统的功能和速度
不用说，一定是中了木马病毒！！木马是一种可以随意破坏并控制你电脑的强力病毒
举个例子说吧：你的电脑本来是没有病毒的。可是万一你的电脑中了木马病毒，它就会把你的电脑内薄弱的环节控制住，使你不能正常地操作电脑，并把你电脑重要的文件破坏掉。
关于木马病毒的常识：一种可怕的木马，它的名字叫做BackDoor.Nerte.77(1,2)。
病毒简介：这是一个后门程序的客户端组件，能够完全控制安装有TROJ_NERTE.A.SVR服务器组件的系统，从而使得网络的安全性受到威胁。.
病毒名称：BackDoor.NetBus.20(2)
病毒类型是：特洛伊木马程序
病毒简介：该特洛伊程序并不是NetBus家族中的一个插件程序，它具有黑客攻击性质的独立特征，能够控制远程机器。此木马具有卸载功能，一旦中了该木马，可以使用卸载功能或删除文件来达到清除木马的目的。
BackDoor.Zemac.100
病毒名称：BackDoor.Zemac.100
病毒类型是：特洛伊木马程序
病毒简介：此木马是一个黑客工具，能够允许远程用户访问被感染的机器，同时它还会收集用户信息，并通过Internet将信息发往远端用户。所幸的是，该木马代码中存在一个bug，导致它无法正常工作。
病毒名称：Trojan.Anita
病毒类型：木马程序
病毒简介：该木马程序能够打开游览器、关闭某些文件、修改WIN,INI文件，并连接某个站点，同时打开许多窗口。它是用Delphi语言进行编码的，但危害性不大。
虽然你的电脑中了病毒，但你可以用“反间谍专家”。在“3721雅虎助手”里有免费下载。